Hai vị giữ nguyên chức vụ Tổng Trưởng hai Bộ quan trọng là Đức Tổng Giám Mục Gerhard Müller, Tổng Trưởng Bộ Giáo Lý Đức Tin và Đức Hồng Y Fernando Filoni, Tổng Trưởng Bộ Truyền Giảng Tin Mừng Cho Các Dân Tộc.
Trong cuộc gặp gỡ giáo triều Rôma sau khi được bầu vào ngôi Giáo Hoàng, Đức Thánh Cha Phanxicô đã yêu cầu các vị lãnh đạo trong Giáo triều Rôma nên tiếp tục đảm trách các chức vụ của các ngài “donec aliter provideatur” - cho đến khi các quy định khác được thực hiện. Như thế, với bổ nhiệm mới này chức vụ của Đức Tổng Giám Mục Gerhard Müller và Đức Hồng Y Fernando Filoni đã là chính thức chứ không còn là tạm thời nữa.
Đức Giáo Hoàng đã chuyển Đức Hồng Y Mauro Piacenza, nguyên Tổng trưởng Bộ Giáo Sĩ vào vai trò mới là người đứng đầu Tòa Ân Giải Tối Cao, thay thế Đức Hồng Y Manuel Monteiro de Castro, sẽ nghỉ hưu ở tuổi 75.
Đức Tổng Giám Mục Benjamin Stella, Giám Đốc Học Viện Tòa Thánh về Giáo Hội, tức là trường đào tạo các viên chức ngoại giao của Tòa Thánh, được bổ nhiệm là Tổng trưởng Bộ Giáo Sĩ thay cho Đức Hồng Y Mauro Piacenza.
Đức Giám Mục Giampiero Gloder, một viên chức trong Phủ Quốc Vụ Khanh Tòa Thánh, được cử thay thế Đức Cha Benjamin Stella lãnh đạo Học Viện Tòa Thánh về Giáo Hội.
Đức Thánh Cha Phanxicô cũng bổ nhiệm Đức Tổng Giám mục Lorenzo Baldisseri, nguyên là thư ký của Bộ Giám Mục, trong chức vụ Tổng thư ký Thượng Hội Đồng Giám Mục Thế Giới thay thế cho Đức Tổng Giám Mục Nikola Eterovic, được cử làm sứ thần Tòa Thánh tại Đức.
Với việc giữ nguyên các vị Tổng Trưởng của hai Bộ Giáo Lý Đức Tin và Bộ Truyền Giảng Tin Mừng Cho Các Dân Tộc, Đức Thánh Cha cũng giữ lại các vị khác trong hai bộ này với hai thay đổi nhỏ.
Trước hết, Đức Cha Protase Rugambwa, thuộc Bộ Truyền Giảng Tin Mừng Cho Các Dân Tộc, được nâng lên vị trí phó tổng thư ký bên cạnh vị Tổng Thư Ký là Đức Cha Savio Hàn Đại Huy.
Kế đó, Đức Tổng Giám Mục Augustine Di Noia, phó chủ tịch Ủy Ban Giáo Hội Chúa (Ecclesia Dei) bây giờ sẽ là phụ tá thư ký tại Bộ Giáo Lý Đức Tin. Năm ngoái, Đức Thánh Cha Bênêđíctô thứ 16 đã bổ nhiệm Đức Tổng Giám Mục Augustine Di Noia, thuộc Dòng Đa Minh Hoa Kỳ trong chức vụ phó chủ tịch Ủy Ban Giáo Hội Chúa để tăng cường các cuộc đối thoại với Huynh Đoàn Thánh Piô X. Việc điều Đức Tổng Giám Mục Augustine Di Noia về Bộ Giáo Lý Đức Tin cho thấy các cuộc đàm phán với Huynh Đoàn Thánh Piô X không còn là ưu tiên cao nữa.
